La Escuela de Notre Dame hizo también otra importante contribución al desarrollo de la polifonía con la creación de cláusulas sustitutorias, composiciones polifónicas basadas no en un canto llano entero, como era el caso del organum, sino en una pequeña porción de éste. Las cláusulas, compuestas originalmente como pasajes sustitutos en composiciones de organum, pronto adquirieron su posición propia como piezas autosuficientes para ser cantadas en puntos apropiados de la liturgia. La cláusula utilizaba fragmentos melismáticos

del canto llano y originalmente se vocalizaba sobre la sílaba o sílabas involucradas (por ejemplo “Virgo”); al

serle asignado un texto propio, la cláusula derivó hacia el motete del siglo XIII.

Las cláusulas comenzaron a ser intercambiables ante la necesidad de aportar mayor variedad al repertorio litúrgico. Una sección de discanto podía extraerse de la pieza y ser reemplazada por otra de nueva creación como repertorio sustitutivo que se utilizaba a conveniencia según la ocasión. Se creaba así un nuevo duplum que permitía elegir diferentes opciones de interpretación en las celebraciones litúrgicas. Era una manera más de embellecimiento, un tropo polifónico que aportaba variedad ante las restricciones que presentaba un repertorio que había que respetar. Aunque en general son a dos voces, también se compusieron cláusulas a tres y cuatro, sobre el repertorio gregoriano tradicional.

Los primeros motetes se crearon a partir de las llamadas cláusulas (latín clausulae) en las composiciones de la escuela de Notre Dame, en París, a fines del siglo XII y comienzos del XIII; más concretamente, de los organa a dos voces que se utilizaban como ornamento de cantos litúrgicos, principalmente cantos responsoriales del Propio de la Misa.

En estos organa había secciones de tres tipos diferentes:

Canto llano: Cuando el canto lo interpretaba todo el grupo de cantores (la schola) al completo, se hacía al unísono con la melodía gregoriana original.

Organum: Cuando un fragmento interpretado por solistas tenía estilo silábico, uno de ellos alargaba las notas para que el otro cantara melismas extensos sobre ellas; es decir, se utilizaba el estilo del organum melismático u organum florido.

Cláusulas de discanto: Cuando el canto original incluía un melisma, una de ellas realizaba el melisma original y la otra hacía melismas diferentes, normalmente también en un modo rítmico diferente; es decir, se utilizaba el estilo del discanto desarrollado.